Per assicurare l’efficace attuazione dei fondi UE e nazionali, i partner interessati hanno definito, anche in base alle esperienze dei cicli precedenti, un “modello organizzativo” in cui più organismi e strutture sono coinvolte nell'amministrazione del Programma e nell'assistenza ai progetti.
Il Comitato di Sorveglianza (CdS) è l’organismo che sovrintende l’attuazione del Programma, i progressi e gli obiettivi raggiunti, è composto dai rappresentanti delle autorità competenti degli Stati membri e del paese terzo nonché dagli organismi intermedi e dai rappresentanti del partenariato.
Il CdS del Programma Italia-Svizzera 2021-2027 è stato istituito formalmente il 27 febbraio 2023 ed è costituito da componenti con diritto di voto e componenti con funzione consultiva.